国家重点基础研究发展计划(973计划)项目
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功能组学研究
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通过整合转录组调控网络和基因表达数据的微分调控富集分析
尽管许多基因集分析方法已经被用于探索表型与生物功能类似或参与同一个生物过程的基因的关系,但是基因集内在的生物学机制还是不清楚的。清华大学自动化系江瑞副教授及研究团队提出了一个名为基因集微分调控富集分析…
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以功能网络为基础的基因本体论分析
在进行基因分析时,为了解释一组在生物学途径相关基因之间的功能非等价现象,复旦大学生命科学学院生物统计学研究所田卫东教授研究团队开发一种基于网络的基因集合分析方法GOGANPA,能设定兴趣基因相关功能的…
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高等脊椎动物中DNA甲基化保守模式和趋异模式
DNA甲基化在基因表达中起基础性调控作用并且普遍存在于真核生物的基因组中。 例如,在高等脊椎动物中,有一个“全局”甲基化模式它涉及到CpG位点全基因组的完全甲基化,除了CpG二核苷酸丰富的启动子区域,…
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染色质状态和microRNA决定TNF刺激下不同基因表达的动态反应
基因表达是一个动态的过程,目前对于影响外界刺激改变基因表达的因素尚不清楚。清华大学自动化系以及信息学院的汪小我副教授、张奇伟教授带领团队对人脐静脉内皮细胞(HUVEC)受肿瘤坏死因子(TNF)刺激后的…
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外显子测序揭秘Myo6移码突变造成听力损失
非综合征型常染色体显性遗传性耳聋(ADNSHL)是典型的语后发病。遗传异质性高,发病年龄晚,和各种混杂的非遗传因素阻碍了ADNSHL患者进行及时的分子诊断。中国人民解放军总医院耳鼻咽喉科主任医师袁慧军…
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定量组合天然抗氧化剂降低氧化应激,预防代谢综合征
随着知识的进步,人类逐渐认识到维生素C,维生素E和β-胡萝卜素在降低慢性疾病风险中起到的作用。对于抗氧化营养素的潜在健康好处的评价应包括整个可信的科学证据——从细胞生物学、动物实验、临床试验和流行病学…
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计算识别模式生物中的激活增强子
增强子作为一类顺式调控元件在基因组区域首次发现,近30年来显著提高了基因转录。增强子可以调节在细胞类型特异性和发育阶段特异性的基因表达。虽然实验技术已经发展到可以识别全基因组增强子,调控元件的设计原理…
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油酸在酿酒酵母中组蛋白变体Htz1在应激反应中的功能作用
染色质结构在应激反应中与调控基因转录密切相关。转录因子去脱乙酰转移酶,如三聚SNF1蛋白2(MSN2),SET结构域的蛋白1(Set1)和蔗糖非发酵蛋白1(Snf1)的多拷贝抑制基因,已被确定在应激反…
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染色质结构在编码和非编码单核苷酸多态性之间的显著区别
在以往的研究表明,人类单核苷酸多态性(SNP)的核小体的富集与发生的突变与CpG二核苷酸密切相关。东南大学生物电子学国家重点实验室合作新疆医科大学第一附属医院的研究人员想要确定染色质组织是SNP的特异…
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定量分析揭示了上调组蛋白修饰和组蛋白乙酰基酶介导的广义核小体空白区
核小体和组蛋白修饰的全基因组映射揭示有意义的模式。尽管在解决染色质和转录之间的关联的进展中,定量的染色质动力学没有得到很好的定义。东南大学生物科学与医学工程学院孙啸教授团队合作新疆医科大学第一附属医院…
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核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态
染色质是真核DNA 的存在方式,可以通过影响DNA 的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA 相连。核小体组蛋白上能发…
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人类蛋白编码区的靶区的miRNA功能新发现
有研究揭示蛋白质编码区域的microRNA(miRNA)靶基因的许多功能。 但是,当靶点位于哺乳动物mRNA转录的蛋白质编码区时确定miRNA功能在很大程度上是未知的。东南大学生物医学工程系顾万君团队…