PLNseq:一种应用多元泊松对数正态分布统计方法研究RNA测序的方法

高通量RNA测序(RNA-seq)技术为基因表达研究提供了一个平台。在很多实验中,针对配对样本或取自同一对象的多个处理条件下的样品进行检测统计RNA测序reads

复旦大学罗泽伟教授、张洪研究员带领研究团队提出了一种新的方法“PLNseq”,采用多元泊松对数正态分布对配对配对数据进行建模。高斯随机效应模型来进行相关性评估,并采用似然方法推断。一个三阶段的数值算法来估计未知参数,并进行差异表达分析。模拟数据分析结果表明,该方法在参数估计,DE分析能力和稳健性方面表现相当不错。与edgeR DESeq2相比在基因间相互关系比较复杂的情况下PLNseq可以更好的控制FDRs,并且准确性很高。此外,通过PLNseq评估相关性使研究人员能够开发新的和更强大的DE分析测试工具.。在肺癌研究中的应用说明了新方法的有效性。R包已经公开。该研究发表在20154月的《Statistics in Medicine》杂志上。

参考文献:

PLNseq: a multivariate Poisson lognormal distribution for high-throughput matched RNA-sequencing read count data.Hong Zhang,et al.Statistics in Medicine.2015 Apr

作者简介:

罗泽伟:复旦大学遗传学研究所群体及数量遗传学研究室教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组负责人。主要研究方向:数量性状位点高精度、高解析率定位的理论和实验策略研究;进化比较基因组学研究;人类复杂遗传疾病的分子病因学研究。

张洪:复旦大学生命科学学院正高级青年PI、研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。主要研究方向:基于群体数据、家庭数据和抽样调查数据的基因-疾病关联分析,基因-基因/基因-环境交互效应分析;临床试验和生存分析;病例-对照研究。

胡小华:复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系副教授。华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。主要研究方向为复杂性状(疾病)的遗传学机制。