基于家庭病例设计半参数推理罕见的基因突变的外显率

根据规则的半参数统计框架,使用由家庭病例设计生成的数据,提出了一种关于罕见遗传突变与年龄相关外显率的评价。这些数据的表现型和基因型信息是从携带有针对性突变的案例渊源者的一级亲属产生的数据上收集的。

美国国立癌症研究所余凯与上海复旦大学张洪研究员合作开发新方法,把相关家庭成员中那些未观测到的危险因素列入考虑范围。根据建立严谨的大样本性质,结果表明其估计量是渐近半参数效率的。为了评估新方法的性能进行了模拟研究,结果表明所提出的半参数方法的稳健性比相应的参数方法更具有优势。作为实例,该方法用于评估在MSH2MLH1突变携带者中与年龄相关癌症的风险因素。该研究发表在2012年《Journal of Statistical Planning and Inference 》杂志上。

参考文献:

Semiparametric inference on the penetrances of rare genetic mutations based on a case-family design.Hong Zhang,et al.Journal of Statistical Planning and Inference.2012

作者简介:

张洪:复旦大学生命科学学院正高级青年PI、研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。主要研究方:遗传统计学:基于群体数据、家庭数据和抽样调查数据的基因-疾病关联分析,基因-基因/基因-环境交互效应分析;临床试验和生存分析;病例-对照研究。