跨物种分析方法研究动物模型与人疾病机制的相似性

动物模型是研究人类疾病原因和寻找治疗方法不可缺少的工具。一个动物模型的科学价值取决于其对人类疾病准确的模拟性。目前研究的主要目标是利用动物模型的表达数据评估其与人类疾病的相似性以及药效性来开发一个跨物种的研究方法。因此,研究人员希望该方法能够比较跨物种基因表达谱,并且能够运用于病理学,毒理学,药物重新定位,以及药物作用机理等领域的研究中。

上海生物信息技术研究中心 郝沛研究员,上海生命科学院植物生理生态研究所李轩研究员领导的合作小组开发了一个跨物种的分析方法来研究动物模型与人类疾病和药理性的相似性,其利用公共数据库中现有的动物的基因表达数据,挖掘有意义的信息来帮助药物研究,如潜在的候选药物,可能的药物重新定位,以及药物副作用。在将该方法运用于药物研究之前,用动物模型来评估该方法的可行性。研究人员应用该方法对几个已知表达方式的动物模型进行研究,并且得到一些有助药物研究的信息。发现TSA和其他一些HDACs在基因表达水平有非常相似的反应。小鼠缺氧模型能够准确地模拟人体缺氧,而小鼠糖尿病模型药物可能有一定的局限性。阿尔茨海默症的转基因小鼠是一个有用的模型,而且在该病例中我们深入分析了一些药物的生物学机制。此外,所有病例可以提供一些药物发现和药物重新定位的思路。该研究发表在2012年《BMC Systems Biology》杂志上。

参考文献:

A cross-species analysis method to analyze animal models' similarity to human's disease state.Shuhao Yu,et al.BMC Systems Biology. 2012

作者简介:

郝沛:上海生物信息技术研究中心 研究员/课题组长。长期从事生物信息学研究和数据挖掘应用工具的研发。

李轩:中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所研究员,博士生导师。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组负责人。主要从事生物信息学和系统生物学的应用研究。