人类癌症中转录调控与microRNA调控的组合调控

转录调控和microRNA调控都是调控细胞存活的重要机制。目前,通常通过正向工程策略构建转录调控和转录后调控的组合调控网络。该策略仅基于假定目标序列上搜索获取的转录因子结合位点或miRNA种子区域。如果正向工程策略能够结合反向工程策略,会获得更准确更特异的组合调控网络信息。

上海生物信息技术研究中心李亦学、李园园、谢鹭研究员带领研究人员利用序列比对信息以及miRNA与mRNA的并行表达数据集信息,结合正向工程和反向工程策略,构建了人类癌症的组合基因调控网络。该调控网络关系的准确性通过随机置换程序进行了验证,也获得了权威的基于试验的数据库的支持。同时探索了该组合调控网络的整体及局部结构性能,通过拓扑点可以显著发现调控肿瘤的重要miRNA和转录因子。

通过整合正向工程和反向工程策略,研究人员绘制出了人类癌症的基因组范围上的组合基因调控网络,其中包括转录调控和miRNA调控。可以促进癌症基因调控研究。研究人员还建立了一套可以用于揭示特定细胞间的组合调控模式的流程。该研究发表在2012年《BMC Systems Biology》杂志上。

参考文献:

Combinatorial network of transcriptional regulation and microRNA regulation in human cancer.Hui Yu,et al.BMC Systems Biology.2012

作者简介:

李亦学:上海生物信息技术研究中心主任,中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任,研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》专家组成员。主要从事与DNA序列相关的软件开发研究,特别发展了时间序列的统计相关算法。

李园园:上海生物信息技术研究中心研究员,主任助理。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要研究方向为,借助生物学网络分析揭示生物系统特定条件下的调控机制。

谢鹭:上海生物信息技术研究中心研究员,党支部副书记,副主任。主要研究方向为: 肿瘤学生物信息学,包括肿瘤基因组测序分析;肿瘤相关分子标记物的筛选;肿瘤病因、亚类、疗效、预后等分类预测;肿瘤调控网络研究等。