cGRNB:基因调控网络在线服务

构建包含转录因子(Transcription factors, TFs)和微小RNA(microRNAs, miRNAs)的组合基因调控网络的方法学开发正快速发展。目前相应的有很多工具,但是大多数操作难,不能在线使用。在线的网络服务,尤其是允许用户上传实验数据并个性化的构建组合基因调控网络的服务亟待开发。

上海生物信息技术研究中心李亦学、李园园研究员带领研究团队编译了假定的TF基因,miRNA基因和TF-miRNA调控关系并且组合成一个数据库。将组合基因调控网络构建的两种独立的正向和反向工程算法通过R编码进行优化,并形成两个主要的功能模块。并发布了cGRNB (combinatorial Gene Regulatory Networks Builder): 一个通过种子匹配信息和基因表达数据集的集成工程来构建组合基因调控网络的网站服务器。cGRNB(组合基因调控网络生成器),包含两个主要的网络构建模块,MPGE(miRNA扰动基因表达)的数据集和miRNA / mRNA表达数据集。第一个模块产出miRNA中心中两层组合的级联调控数据,第二个模块产出综合三种组合调控(TF基因,TF-miRNA和miRNA基因)的基因组范围的调控数据。该文章发表在2013年《BMC Systems Biology》杂志上。cGRNB免费在线使用网址:http://www.scbit.org/cgrnb。

参考文献:

cGRNB: a web server for building combinatorial gene regulatory networks through integrated engineering of seed-matching sequence information and gene expression datasets.Xu et al. BMC Systems Biology.2013

作者简介: 

李亦学:上海生物信息技术研究中心主任,中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任,研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》专家组成员。主要从事与DNA序列相关的软件开发研究,特别发展了时间序列的统计相关算法。

李园园:上海生物信息技术研究中心研究员,主任助理。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要研究方向为,借助生物学网络分析揭示生物系统特定条件下的调控机制。