DCGL v2.0: 通过差异共表达分析揭示差异调控的R包

差异共表达分析(Differential co-expression analysis, DCEA)是近几年新兴起的系统性基因表达数据研究。虽然大多数DCEA研究以及分析工具都只集中在基因的共表达分析,但有些研究正在开发一种潜在的更有前途的研究领域,差异调控分析(differential regulation analysis, DRA)。已有的DCGL v1.0 版本的R包仅适用于差异共表达分析,不能转化为差异调控机制研究。

为了满足从DCEA到DRA的研究需求,上海生物信息技术研究中心李亦学、李园园研究员合作中国科学院上海生命科学研究院等处研究人员升级DCGL v1.0版本——DCGL v2.0。 新版本包含了一个新的模块,差异调控分析(DRA),有DRsort , DRplot , 和DRrank三个主要功能。DRsort 根据转录因子(TF)靶标选择差异调控基因(differentially regulated genes, DRGs)和差异调控链(differentially regulated links, DRLs)。DRrank 可根据转录因子可能性的相关表型进行优先级排序。DRplot将网络中差异共表达链(differentially co-expressed links, DCLs)和/或转录因子靶标链可视化。除此之外,还优化了v1.0的代码。评测结果显示,DCGL v2.0从一个差异共表达分析工具升级为差异调控分析工具,可以用于揭示差异共表达中的差异调控机制。DCGL v2.0可以被广泛的应用到基因表达数据分析中,以便系统的鉴定新的未被研究发现的调控因子。该研究发表在2013年11月的《Plos One》杂志上。

DCGL V2.0软件包可通过http://cran.r-project.org/web/packages/DCGL/index.html或 http://lifecenter.sgst.cn/main/en/dcgl.jsp 网站获取。

参考文献:

DCGL v2.0: An R Package for Unveiling Differential Regulation from Differential Co-expression.Jing Yang, et al.PLoS One. 2013 Nov 

作者简介:

李亦学:上海生物信息技术研究中心主任,中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任,研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》专家组成员。主要从事与DNA序列相关的软件开发研究,特别发展了时间序列的统计相关算法。

李园园:上海生物信息技术研究中心研究员,主任助理。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要研究方向为,借助生物学网络分析揭示生物系统特定条件下的调控机制。