中国中部地区16型人乳头瘤病毒的全基因组测序及进化分析

16型人乳头瘤病毒(HPV16)在乳腺癌转移中起重要作用,在不同族群中存在分子变异,表现为致病性、免疫原性和致瘤性的差异。北京大学肿瘤医院柯杨研究员合作中国科学院北京基因组研究所翟巍巍副教授对中国中部地区河南安阳市的76个HPV16株系进行了全基因组测序,并做了进化分析。通过分析发现安阳市地区的76个株系主要分为2种变异株,欧洲起源型(E(p))和欧亚型(E(As))。2个变异株有很大差异,E(p) 较E(As)具有更高的遗传多样性。通过遗传多样性分析发现,安阳市地区的HPV16病毒种群大小一直很稳定。基于密码子模型分析这与E6基因的适应性进化相关;通过贝叶斯分析鉴定了该基因上与适应选择相关的重要的氨基酸位点,包括R10G, D25E, L83V和E113D。该研究推测这些位点的正向选择或许与宫颈癌的癌变和免疫相关。该研究刊登在2012年5月的《PLoS One》杂志上。

参考文献:

Whole Genome Sequencing and Evolutionary Analysis of Human Papillomavirus Type 16 in Central China. Min Sun,et al. PLoS One. 2012 May

作者简介:

柯杨:北京大学临床肿瘤学院(肿瘤防治研究所)研究员,北京大学党委常委、常务副校长、医学部常务副主任。主要研究方向为上消化道恶性肿瘤发病的环境及遗传因素。

翟巍巍:中国科学院北京基因组研究所副研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。主要研究方向进化基因组学。