基于限制性位点的基因测序技术研究基因组拷贝数变异

拷贝数变化(CNA)是基因组变异的一种,通常由基因组不稳定性引起,与癌症等疾病相关。测定全基因组拷贝数变化是识别潜在突变机制的一个重要步骤。随着目标基因组及全基因组测序技术快速发展,利用二代测序技术对CNA进行分析恰逢时宜。

中国科学院北京基因组研究所蔡军研究员领导的研究团队通过相同肝癌样本的拷贝数测定分析,对几种重测序策略进行了比较。包括全基因组、外显子组和限制性位点测序。基于限制性位点的基因测序(RAD sequencing)是一种靶向定位测序技术,先用限制性内切酶切割基因组,然后分离得到目标序列。研究数据表明,RAD测序策略在基因拷贝数变化测定上具有低成本高效率的优势。通过对RAD数据的深入分析,发现等位基因频率的精确测定,可以补充分析拷贝数变化中的读长深度。原因有两:一,等位基因频率数据有助于精确计算特异的等位基因的拷贝数,从而鉴定在自然选择下父母本的等位基因的重要的功能性CNAs.;二,在复杂基因组中等位基因频率的精确测定能使CNA模式去卷积。该研究刊登在2013年8月的《Bioinformatics》杂志上。

参考文献:

Determination of genomic copy number alteration emphasizing a restriction site-based strategy of genome re-sequencing.Caihong Zheng,et al.Bioinformatics. 2013 Aug 

作者简介:

蔡军:中国科学院北京基因组研究所研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。从事多年的计算生物学和基因组学方向的研究工作。