非平衡溯祖树和基于微卫星序列变异的选择性清除的简单测试

选择性清除是自适应进化的核心。德国科隆大学Thomas Wiehe教授与中国科学院上海生命科学研究院李海鹏研究员合作研究溯祖树的形状是如何受到最近的选择性清除的影响的。为了达到这个目的研究人员定义了一种拓扑树的粗粒度测量方法。这个方法具有迷人的分析特性,它的分布很均一,并且它很容易由实验数据来估计。研究展示了它如何运用在利用微卫星标记对最近的选择性清除的实验中,以及它如何运用在恶性疟原虫的实验数据中。该研究发表在2013年《PLOS Computational Biology》杂志上。

参考文献:

Coalescent Tree Imbalance and a Simple Test for Selective Sweeps Based on Microsatellite Variation.Haipeng Li and Thomas Wiehe.PLOS Computational Biology.2013

作者简介:

Thomas Wiehe:德国科隆大学教授

李海鹏:中国科学院上海生命科学研究院马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第伍课题组学术骨干。主要研究方向为进化基因组学,群体遗传学。