群体遗传中的种群历史和自然选择的联合分析:我们处在什么位置?我们可以去哪里?

分离自然选择和种群历史对遗传多态性的影响,是种群基因组数据分析的主要挑战。传统的方法假设种群历史会影响整个基因组标签,而自然选择只是作用于局部。根据最近的序列多态性遗传报告显示,认为这种方法是有问题的,因为正向选择作用是普遍存在的,所以需要有新的方法出现。

瑞典乌普萨拉大学进化生物学中心Martin Lascoux教授与中国科学院上海生命科学研究院的研究人员给出了一些经验理论,来说明分离自然选择和种群历史对遗传多态性模式的影响的困难之处。研究人员还回顾了最近有关正向选择的报导。大多数有用的方法仍然是依赖于先前的基因组位点的分类,但是也有很多可信的新方法。这些新方法利用统计学最新进展,挖掘数据中迄今为止一直被忽视的方面或者利用新发现的种群遗传数据。一种当前可信的方法是在第一次估计种群历史和遗传参数的基础上,利用像似然估计或近似贝叶斯计算框架来关注极端异常区域,然后利用一种独立的方法来确定它。尤其是对于自然选择证据有限的物种而言,运用更多的经验手段和通用手段来对比多种环境条件限制下的种群,可能比物种全基因组扫描寻找特定标签的方法更有效。该研究发表在2012年《Molecular Ecology》杂志上。

参考文献:

Joint analysis of demography and selection in population genetics: where do we stand and where could we go?JUNRUI LI,et al.Molecular Ecology.2012

作者简介:

Martin Lascoux:瑞典乌普萨拉大学进化生物学中心教授。主要从事进化与遗传学研究。

李海鹏:中国科学院上海生命科学研究院马普学会计算生物学伙伴研究所研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第伍课题组学术骨干。主要研究方向为进化基因组学,群体遗传学。