通过整合转录组调控网络和基因表达数据的微分调控富集分析

尽管许多基因集分析方法已经被用于探索表型与生物功能类似或参与同一个生物过程的基因的关系,但是基因集内在的生物学机制还是不清楚的。清华大学自动化系江瑞副教授及研究团队提出了一个名为基因集微分调控富集分析(Differential Regulation-based enrichment Analysis for GENe setsDRAGEN)的方法,用于鉴定对表型有转录调控作用的基因集。通过综合模拟分析表明,他们提出来的方法,有鉴定微分调控基因集的能力。进一步将该方法用于3个人类基因芯片表达数据集、2个激素治疗、调控样本,以及1个涉及不同细胞周期的样本。结果表明DRAGEN方法鉴定表型相关基因集的能力比四种已有方法高。因此推断本研究提出的微分调控富集分析为基因表达数据的解读提供了新的方向。该方法免费获取地址:http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/dragen/。该研究刊登在2015年的《Bioinformatics》杂志上。

参考文献:

Differential regulation enrichment analysis via the integration of transcriptional regulatory network and gene expression data. Shining Ma, et al. Bioinformatics. 2015. 

作者简介:

江瑞:北京清华大学自动化系副教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究领域生物信息学、系统生物学、模式识别、机器学习、统计推断。