家蚕转录组选择性剪接和反式剪接分析

目前,关于家蚕选择性剪接和反式剪接的调控机制还未进行过系统地研究。中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所徐永镇、李轩研究员带领研究人员通过转录组测序技术分析家蚕转录组,鉴定了320条新基因,修正了1140个基因模型,发现了上千个选择性剪接事件和58个反式剪接事件。通过对3SR蛋白的研究发现它们的选择性剪接方式和mRNA产物在昆虫和人类中是高度保守,其中,Srsf6这个SR蛋白的一种剪接形式在家蚕生殖腺中存在性别特异性表达。家蚕mod(mdg4)基因的反式剪接也通过实验证实。它通过共同的5’上游外显子和分布在500kb范围内正反义链上的463’下游外显子发生反式剪接。家蚕中的其他反式剪接通过生物信息技术分析预测得到,其中RT-PCR验证了12个反式剪接事件,嵌合 SNPs进一步确认了6个反式剪接事件,有2个事件是通过检测家蚕品系JSL10SNPF1代中的交换情况,并用等位基因特异性RT-PCR进行验证,这表明昆虫的反式剪接比之前所认为的更为普遍。对家蚕转录组的分析为研究人员选择性剪接的调控机制提供了重要信息。无论是之前关于种内剪接事件的研究还是新发现的反式剪接事件都表明家蚕在今后的研究中是很好的模式生物。该文章发表在2012年《RNA》杂志上。

参考文献:

Alternative splicing and trans-splicing events revealed by analysis of the Bombyx mori transcriptome.Wei Shao,et al. RNA.2012

作者简介:

徐永镇:中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所研究员,课题组长,博士生导师。长期从事RNA相关的真核生物基因表达调控机理研究,涉及RNA转录,剪接和蛋白质翻译等多个研究领域,目前研究主要集中在RNA剪接与昆虫发育领域。

李轩:中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所研究员,博士生导师。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组负责人。主要从事生物信息学和系统生物学的应用研究。