致病病毒嵌合基因组识别有效的抗病毒shRNAs并揭示shRNA二级结构的作用

shRNA可以使得有效沉默基因在哺乳动物细胞中的表达,从而提供遗传研究的有力工具,及潜在的治疗方案。特异性shRNA干扰致病性病毒的复制,目前临床试验中正在测试抗病毒治疗。然而,这是不能系统地、准确地确定病毒基因组有效的shRNA的阻碍。哈佛医学院、清华大学生命科学学院及eHoward Hughes医学研究院的研究人员采用最近开发的高度并行的传感器检测来确定对HIV、丙型肝炎病毒(HCV),和流感有效的shRNA。研究人员观察到表明shRNA功能的已知和未知的序列特征。使用HIVHCV细胞培养模型的验证得分最高的shRNAs具有高效。研究人员的数据与HIV的二级结构比较表明RNA靶点的二级结构的shRNA疗效的强烈影响。靶点中人为引入二级结构来显著降低shRNA沉默。此外,研究人员观察到HCV具有明显的序列特征,HCV靶定的shRNA对低效的偏差。 研究结果表示基于抗病毒治疗的shRNA进一步发展,改善预测有效的shRNAs的能力。本文发表在20121月的《Proc Natl Acad Sci USA》上。

参考文献:

Tiling genomes of pathogenic viruses identifies potent antiviral shRNAs and reveals a role for secondary structure in shRNA efficacy. Tan, X, et al.Proc Natl Acad Sci USA .2012

作者简介:

鲁志:清华大学生命科学院研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。从事癌症发生发展中表观遗传和非编码基因标识物的发现和机理研究等方面工作。