CLIPdb:一个蛋白质-RNA相互作用的紫外交联免疫沉淀结合高通量测序数据库

通过与包括编码RNA、典型非编码RNA和长非编码RNA等在内的RNA相互作用,RNA结合蛋白(RBPs)在基因表达调控中扮演着重要的角色。大量最近得出的紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(CLIP-seq)数据(包括HITS-CLIPPAR-CLIP,和 iCLIP)揭示转录组范围内单核苷酸水平的RBPs结合位点。

清华大学生命科学学院研究员鲁志带领团队基于来自人、鼠、线虫和酵母菌四个物种中111RNA结合蛋白的395个公开CLIP-seq数据集构建了一个数据库(CLIPdb)来描述RNA结合蛋白与RNA的相互作用。研究人员不断对CLIP-seq数据集和RNA结合蛋白进行注释,并搭建了一个用户友好型界面来快速导航到目标CLIP-seq数据集。实施了一个统一的计算方法来识别转录组范围内的结合位点,使其能相互比较并且使数据能在不同CLIP-seq研究之间整合。高分辨率的RNA结合蛋白的结合位点能通过浏览器在全基因组规模下实现可视化。此外,用户能通过查询感兴趣的基因来浏览并下载所有被描绘的RNA结合蛋白识别的结合位点,包括蛋白质编码基因和非编码RNA

手工组织元数据并统一公开的CLIP-seq数据集中已识别的结合位点将会是进一步综合和比较分析的基础。随着数据集的持续更新和功能改进,CLIPdb将会成为增进转录后调控网络理解的一个有价值的资源。该研究刊登在2015年《 BMC Genomics》杂志上。

参考文献:

CLIPdb: a CLIP-seq database for protein-RNA interactions.Yu-Cheng T Yang,et al.BMC Genomics.2015

作者简介:

鲁志:清华大学生命科学院研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。从事癌症发生发展中表观遗传和非编码基因标识物的发现和机理研究等方面工作。