FastDMA:Infinium HumanMethylation450芯片分析软件

甲基化对许多基本生物过程和人类疾病都至关重要。Illumina Infinium HumanMethylation450 芯片是最近开发学习全基因组DNA甲基化的平台,超过480000CpG位点和一些CHG位点的高质量数据。对这个很有前景的平台的数据,清华大学自动化系古槿老师,清华大学生物信息学部张奇伟教授带领研究人员开发了FastDMA用来识别显著的差异甲基化探针。 除了单探针分析,FastDMA 也可以用于识别差异甲基化区域(DMRS)进行区域分析。一个均匀的统计模型,协方差分析(ANCOVA),在fastdma实现所有的分析。研究人员利用FastDMATCGA中的三个大型数据集和不同类型的癌症中发现许多差异甲基化的基因组位点。在测试数据集中,FastDMA比现有的工具具有更高的计算效率。FastDMA可以综合处理和高效率的识别分析大规模DNA甲基化数据。本文发表在20139月《PLOS ONE》上。

免费软件 http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma/.

参考文献:  

FastDMA: An Infinium HumanMethylation450 Beadchip Analyzer.Jin Gu,et al.PLOS ONE.2013

作者简介:

古槿:清华大学自动化系讲师,清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究方向为microRNA及其调控网络,复杂生物网络的信息理论与计算分析,计算平台与数据库开发。

张奇伟:清华大学信息学院与医学院双聘教授,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任,首批千人计划教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第三课题组负责人。主要科研领域与方向:计算生物学与生物信息学;合成生物与系统生物学。