在癌症中利用层级基因共表达特征推断干扰miRNA调控网络

MicroRNAsmiRNAs),一类内源性的微调控RNA,在许多生物和生理过程中起重要作用。一些miRNA的干扰,通常被称为致癌microRNAsonco-miRs),与癌症多阶段显著相关。虽然发现了数百个miRNAs,在癌症中干扰miRNA的调控网络及其功能仍知之甚少。分析miRNA靶基因的表达模式对干扰miRNA网络是一个非常有用的方法。然而,由于癌症转录组的复杂性,目前的方法经常灵敏度低和只找到少量onco-miR。清华大学自动化系古槿老师合作德克萨斯大学系统生物学中心的研究人员开发了mirhic(利用分层基因共表达特征对miRNA靶点进行富集分析),在大规模的癌症基因表达数据集中采用分层共表达特征来推断干扰miRNA调控网络。 这个方法可以推断出肿瘤miR候选基因和他们的仅与在小尺度共表达层次上的差异表达基因的子集有关联的目标网络对肺癌、肝癌的两个真实的数据集,miRHiC 发现了几个已知的onco-miRs及其靶基因(如miR - 26miR-29miR-124miR-125miR-200),还发现了一些新的onco-miRs(如 推断出两种类型癌症的miR-149)。使用层级基因共表达特征,miRHiC可以大大提高在癌症中推断干扰miRNA调控网络的敏感性。本文发表在201311月的《Plos One》中。

免费的 miRHiC 和详细信息的所有Perl脚本:http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/member/jgu/miRHiC/.

参考文献:  

Inferring the Perturbed microRNA Regulatory Networks in Cancer Using Hierarchical Gene Co-Expression Signatures.Jin Gu ,et al. Plos One.2013 Nov

作者简介:

古槿:清华大学自动化系讲师,清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究方向为microRNA及其调控网络,复杂生物网络的信息理论与计算分析,计算平台与数据库开发。