利用基因调节模型在肠癌中识别miR-139抑癌基因

结直肠癌是世界上最常见的癌症类型之一。识别生物网络变化的关键调控因子对于了解结直肠癌的复杂分子机制至关重要。清华大学自动化系古槿老师,清华大学生物信息学部张奇伟教授带领研究人员提出了基因模型为基础的方法来推断在癌组织中关键miRNA的基因调节网络变化。通过整合基因差异表达和蛋白质相互作用网络的共表达信息,不同的基因表达模块,捕获主要基因网络变化,被确定为结直肠癌。然后,模块中靶基因富集分析确定了几个关键miRNAs(广泛调节的基因模块)。识别的miR-101, miR-124 and miR-139三个miRNAs在大肠癌中频繁的下调。下面的计算和实验分析表明,mir-139可抑制细胞增殖和细胞周期G1/S转换。实验证明miR-139在基因模块中抑癌,关键的促癌转录因子ETS1其直接靶基因。在早期阶段的病理肿瘤中发现mir-139显著下调,在晚期阶段其表达维持在非常低的水平。这些结果表明,基因模块法推断mir-139在癌症早期发展中是一个关键的肿瘤抑制基因。该研究发表在20149月《Molecular bioSystems》上。

参考文献:  

Gene module based regulator inference identifying miR-139 as a tumor suppressor in colorectal cancer.Jin Gu ,et al.Mol. BioSyst.2014 Sep

作者简介:

古槿:清华大学自动化系讲师,清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究方向为microRNA及其调控网络,复杂生物网络的信息理论与计算分析,计算平台与数据库开发。

张奇伟:清华大学信息学院与医学院双聘教授,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任,首批千人计划教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第三课题组负责人。主要科研领域与方向:计算生物学与生物信息学;合成生物与系统生物学。