在血管内皮细胞中细胞类型特异性基因功能与信号图的综合注释

血管内皮细胞(VEC),是血管的内表面,在许多生理和病理过程中发挥重要作用。血管内皮细胞通过循环系统被不同的微环境所刺激。在血管内皮细胞中系统地破译基因的功能和信号回路对复杂微环境刺激的响应是血管生物学的基本任务之一。目前,几个数据库针对基因组注释基因功能和信号电路,但大多采用采用对细胞类型特异性的有限信息。此外,目前的注释只提供不同的信号回路中所涉及的核心基因,缺乏外围信号分子或信号交叉的注释。快速构建在血管内皮细胞中的全基因组基因功能和信号图,清华大学生物信息科技实验室的古瑾老师与李梢副主任合作开发了一个结合细胞特异性基因表达谱的网络注释系统(Nanno),全基因组蛋白–蛋白质相互作用(PPI)网络,基因本体(GO)注释和microRNAmiRNA)的靶基因信息。通过这个系统,研究人员成功地重新诠释参与多种重要基因的生理功能,也确定了信号电路在不同刺激下血管内皮细胞在细胞类型特异性的方式。通过Nanno,许多重要的基因(不包括GO注释)都可重新查找。在血管内皮细胞几个典型的信号通路和miRNA可能参与炎症和血管生成的信号通路。注释表明,在细胞周期调控中可能存在交叉。文章发表在20124月的《Molecular BioSystems》上。

参考文献 

Towards integrative annotation of the cell-type specific gene functional and signaling map in vascular endothelial cells.Jin Gu ,Shao Li. Molecular BioSystems. 2012

作者简介:

古槿:清华大学自动化系讲师,清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究方向为microRNA及其调控网络,复杂生物网络的信息理论与计算分析,计算平台与数据库开发。

李梢:清华信息科技国家实验室(筹)生物信息学部副主任,研究方向:利用生物医学大数据,以信息与系统的观点,分析肿瘤等疾病的复杂生物网络及其调控规律等方面。