网络传导法从基因表达数据中推断干扰microRNA的调控网络

microRNAmiRNA)是一类内源性微调控RNA。调节或干扰miRNA及其靶基因的鉴定对于了解与研究的细胞过程相关的监管网络是至关重要的。通过整合的全基因组基因表达数据和基于miRNA靶基因预测序列已经开发了几种计算方法来推断干扰miRNA调控网络。然而,他们中的大多数只使用miRNA表达信息的直接目标,很少考虑到miRNA在整体基因调控网络的副作用。清华大学生物信息国家重点实验室的古瑾等研究人员通过整合基因表达和整体基因调控网络的信息提出了网络传导法来推断干扰miRNA及其关键靶基因。这个方法是对重启的基因调控网络使用“随机走步”算法构建miRNA扰动的网络效应模型。然后,它评估搜索miRNA干扰和基因差异性表达水平之间的相互意义。结果表明在肿瘤细胞株中重新发现实验中干扰miRNAs研究人员的方法优于其他几个比较方法。然后,研究人员把它应用于大肠癌临床病人样本的基因表达数据集中并推断直肠癌重干扰miRNA调控网络,包括几种已知癌基因或抑癌基因,如miR-17miR-26miR-145。网络传导法利用其靶基因的miRNA干扰的网络效应。这是利用基因表达谱数据推断干扰miRNA及其关键靶基因与研究生物过程相关性。本文发表在20147月的《BMC BIOINFORMATICS》上。

参考文献:

Inferring the perturbed microRNA regulatory networks from gene expression data using a network propagation based method.Ting Wang, et al. BMC BIOINFORMATICS. 2014

作者简介:

古槿:清华大学自动化系讲师,清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究方向为microRNA及其调控网络,复杂生物网络的信息理论与计算分析,计算平台与数据库开发。