oncomirdb:一个通过实验验证致癌和抑癌的microRNA数据库

MicroRNAsmiRNAs),一类微调控RNA,在肿瘤的发生、发展和治疗中起着重要的作用。miRNA针对大量的致癌基因和抑癌基因调节多种与癌症的相关通路。清华大学生物信息重点实验室的古槿等研究人员建立一个癌症研究中miRNA调控的靶基因和癌细胞过程的可信度高的参考网站,从9000篇概要中人工挑选了2259个经过实验验证的癌症相关的miRNA,覆盖了在25个癌组织中300多个miRNA829多个靶基因。oncomiRDB的网站数据库,提供图形和文字界面,便于浏览和搜索所有的注释。它应该是对癌症中miRNA调控网络及功能计算分析和实验研究的一个好资源。文章发表在20148月的《Bioinformatics》杂志中

参考文献:  

OncomiRDB: a database for the experimentally verified oncogenic and tumor-suppressive microRNAs.Dongfang Wang,et al. Bioinformatics.2014 Aug

作者简介:

古槿:清华大学自动化系讲师,清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。研究方向为microRNA及其调控网络,复杂生物网络的信息理论与计算分析,计算平台与数据库开发。