基于熵模型miRNA的异构体分析

miRNA已被广泛研究,因为其在基因表达转录后起着重要的调控作用。许多报道已经证明了在高通量小RNA测序数据中的miRNA的同分异构体(isomiRs)。然而,涉及这些分子的生物学功能仍然没有得到很好的研究。东南大学生物医学工程系陆祖宏教授团队开发了一种基于香农熵模型估算miRBase网络资源中抽取的高通量小RNA测序数据的isomiR表达谱。通过使用KolmogorovSmirnov统计检验(KS检验),研究人员证明了5P3PmiRNA比单臂miRNA可表达出更多的变种。研究人员还发现,除了3'isomiR变体的其它isomiR变体都与前体miRNA的最小自由能(MFE)密切相关,表明前体miRNA固有的功能是miRNA调控的重要因素之一。功能富集分析表明,具有高度变异的miRNAs变体,尤其是5'端变体的一系列的重要功能,证明这些分子不是随机产生的。研究结果提供了关于miRNA亚型分析的概率构架,并给出了pre-miRNA加工的功能见解。该研究刊登在20153月的《PLOS ONE》杂志上。

参考文献:

Entropy-Based Model for MiRNA Isoform Analysis. Wang et al.Plos One.2015 Mar.

作者简介:

陆祖宏:东南大学生物医学工程系教授,国家杰出青年基金获得者,长江学者特聘教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物电子学领域的研究。

王圣钦:工学博士,讲师。于东南大学(生物电子学国家重点实验室)获得生物医学工程专业博士学位,研究方向为非编码RNA相关的生物信息学分析。现就职于温州大学,从事衰老相关的生物数据分析与大数据挖掘的研究。