人类蛋白编码区的靶区的miRNA功能新发现

有研究揭示蛋白质编码区域的microRNAmiRNA)靶基因的许多功能。 但是,当靶点位于哺乳动物mRNA转录的蛋白质编码区时确定miRNA功能在很大程度上是未知的。东南大学生物医学工程系顾万君团队合作芝加哥伊利诺伊大学医学系周童团队共同探讨一些潜在的生物因素,如靶位点的可接性和局部翻译效率。研究人员计算分析这两个因素通过实验确定了人类蛋白编码区的miRNA靶基因,发现位点的可接性在miRNA的靶区的显著上调促进miRNA的结合。同时,局部的翻译效率也在miRNA靶区附近选择性地下调。在miRNA靶位点侧翼区上首选GC含量少的密码子来减缓miRNA靶点的可接性。在基因组分析显示位点的可接性和局部翻译效率在基因组中不同的的miRNA靶点之间的有实质性变化。进一步的分析表明,靶基因的GC 含量和保守性可以解释一些位点可接性的差异。另一方面,靶基因的功能的重要性和保守性可以影响miRNA靶区的附近的局部翻译效率。因此认为当miRNA靶位点位于哺乳动物蛋白编码区时,位点可接性和局部翻译效率在miRNA中有重要作用。该研究刊登在20135月《Plos One》杂志上。

参考文献:

Biological Basis of miRNA Action when Their Targets Are Located in Human Protein Coding Region. Wanjun Gu, et al.Plos One.2013 May.

作者简介:

顾万君:东南大学生物医学工程系,儿童发展与学习科学教育部重点实验室研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物信息学,计算生物学方面研究。

周童:芝加哥伊利诺伊大学医学系的个性化呼吸医学研究所、肺科、急救护理科、睡眠和过敏科研究员。