ICOS:宏基因组分析的一种新基因组标签

东南大学生物科学与医学工程学院孙啸教授团队提出了一种用于微生物基因组分析的寡核苷酸分子(ICOS)特性相关性的新型基因组标签。该标签表示了任何两种寡核苷酸之间的特性关系的定量。研究人员分析在不同的分类级别的微生物基因组中使用ICO,并证实有用的ICOS的广泛可用性。使用基因组内和基因组间的距离和关联度来评估ICOS的性能基因组标签。这些实验的结果表明,ICOS能很好地表征微生物基因组,以及ICOS比四核苷酸组合物能更好的区分物种,不仅在整个基因组的方面,而且在序列的片段上也可以。此外,还评估了复合寡核苷酸分子和四核苷酸组合物的混合功能效果。实验结果表明,混合特征比IOCS或四核苷酸组合物单独表现好。IOCS可以成功地表征微生物基因组,并且能够在不同的分类级别上辨别生物体。IOCS比四核苷酸组合物能更好的表征微生物基因组。组合两种序列特征的混合特征比单个序列特征更具有优势。该研究刊登在20143月的《Journal of Theoretical Biology》杂志上。

参考文献:

Intrinsic correlation of oligonucleotides : A novel genomic signature for metagenome analysis.Ding et al. Journal of Theoretical Biology.2014 Mar.

作者简介:

孙啸:东南大学生物科学与医学工程学院教授,江苏省生物医学工程学会生物信息学专业委员会主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物信息学研究。