定量分析揭示了上调组蛋白修饰和组蛋白乙酰基酶介导的广义核小体空白区

核小体和组蛋白修饰的全基因组映射揭示有意义的模式。尽管在解决染色质和转录之间的关联的进展中,定量的染色质动力学没有得到很好的定义。东南大学生物科学与医学工程学院孙啸教授团队合作新疆医科大学第一附属医院神经外科、新疆循证医学研究所、新疆重大疾病研究国家重点实验室培育基地的研究人员共同定量测定组蛋白修饰的差异,核小体的位置,DNA甲基化,和人类CD4 + T细胞高表达、抑制基因的转录因子相结合。研究人员发现转录起始位点(TSS)上游的第一个(−1)核小体转移到5′端方向,在CD4 + T细胞的高表达基因中紧靠TSS形成了一段广义核小体空白区(NFR)。此外,转录因子YY1和组蛋白乙酰转移酶结合高亲和力的NFR。大部分的组蛋白乙酰化在转录激活时显著增加(>5倍)。研究人员还认为单核苷酸多态性(SNP)发生在高表达的基因比抑制基因的频率要低。研究人员分析染色质动力学的定量显示信息。该研究刊登在20132月的《Genomics》杂志上。

参考文献:

Quantitative analysis reveals increased histone modifications and a broad nucleosome-free region bound by histone acetylases in highly expressed genes in human CD4+ T cells.Liu H,et al.Genomics. 2013 Feb.

作者简介:

刘宏德 :就职于东南大学生物科学与医学工程学院,主要从事生物信息学研究。

罗坤:副主任医师,新疆医科大学第一附属医院神经外科门诊,擅长颅底肿瘤,垂体瘤,颅咽管瘤及脑膜瘤的诊治。

孙啸:东南大学生物科学与医学工程学院教授,江苏省生物医学工程学会生物信息学专业委员会主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物信息学研究。