拟南芥中microRNA靶基因上游区域的翻译效率

针对蛋白编码序列中microRNAmiRNA)的靶位点上游地区,实验研究表明含有稀有密码子,而不是频繁的密码子,对miRNA功能的重要性,因为他们减慢了局部的翻译过程。但是,是否能在接近基因的靶点降低翻译效率仍然是未知的。东南大学儿童发展与学习科学教育部重点实验室合作伊利诺伊大学芝加哥分校的研究人员,利用拟南芥,共同对miRNA靶位点的上游区域的同义密码子进行全基因组分析。在整个基因组水平中,研究人员发现没有显著的选择信号降低翻译效率。然而,相同的基因组分析显示miRNA的靶点上翻译效率降低的实质性变化。研究人员发现,miRNA的保护水平,基因的密码子使用的倾向性,与miRNA的作用机制可以解释翻译效率的差异。但基因的GC含量、基因的表达水平,和miRNA靶基因的保护水平对miRNA靶点局部的翻译效率无影响。在拟南芥中,尽管在上游区域的miRNA靶点的局部的翻译效率与miRNA的功能有关,但该地区的稀有密码子使用的选择信号很弱。我们提出了一些其他的生物因素的硬性,比蛋白编码序列的miRNA靶点时miRNA作用局部翻译效率更为重要。该研究刊登在20129月的《Evolutionary Bioinformaticss》杂志上。

参考文献:

Translation Efficiency in Upstream Region of microRNATargets in Arabidopsis thaliana.Wanjun Gu,Evolutionary Bioinformatics .2012 Sep.

作者简介:

顾万君:东南大学儿童发展与学习科学教育部重点实验室研究员,从事生物信息学,计算生物学方面研究。

周童:芝加哥伊利诺伊大学医学系的个性化呼吸医学研究所、肺科、急救护理科、睡眠和过敏科研究员。