成对条形码高通量测序用于大规模样本分析

东南大学陆祖宏教授团队在研究中引入成对条形码测序(PBS)——允许大规模复用样品的平行分析的经济、灵活条码技术。在两个试点运行中使用了SOLiD 测序仪,通过4个独特的顺向条形码和8个独特的反向条形码相结合同时发现32个独立的成对条形码的miRNA文库。生成超过1.74亿个reads和分配其中大约64%到两个条形码中。通过映射所有readsmiRBasepre-miRNA,不同的miRNA表达模式从两个临床组获取。采用不同的条码对和两个独立运行的miRNA表达的高一致性的相关性表明PBS方法是及其有效的。在NGS中采用PBS方法,大规模复用混合样品几乎可以平行分析以便于满足高通量测序在低测序量的需求样品的经济要求。该研究刊登在20121月的《BMC Genomics》杂志上。

参考文献:

Pair-barcode high-throughput sequencing for large-scale multiplexed sample analysis.Jing Tu,et al.BMC Genomics 2012 Jan.

作者简介:

陆祖宏:东南大学生物医学工程系教授,国家杰出青年基金获得者,长江学者特聘教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物电子学领域的研究。