核小体调节PolyA位点在人类基因组中的作用

3'末端加工与许多物种的PolyA位点的转录和核小体枯竭区进行耦合。然而,核小体使用和PolyA位点之间的使用情况关系,目前尚不得而知。东南大学生物科学与医学工程学院孙啸教授团队根据人类基因组的高通量测序数据集系统的分析,发现,核小体使用模式与周围的PolyA位点不同,并且该模式与转录终止和PolyA识别位点均有关联。对近端polyA位点上游和下游的RNA聚合酶II的积累和核小体定位进行更好对比。高频率的使用近端polyA位点比低频率地使用位点具有更高的核小体上游水平和RNA聚合酶II积累。这表明,核小体定位近端位点的上游通过降低转录速度来进行近端polyA位点的识别,并为3'端加工做准备。保守远端polyA位点和本构位点不仅呈现出较强的核小体枯竭区附近的polyA位点,而且能更好的定位下游固有的核小体。最后,如果缺失前面位点,在polyA位点下游还有较高的RNA聚合酶II积累,以保证基因的转录终止和最后一个polyA位点的识别。研究表明,核小体序列在polyA位点和蛋白编码基因转录终止的使用调控中发挥着不同的作用,形成一个RNA聚合酶II的双重暂停模型替代polyA位点的区域,以确保3’端的有效加工。该研究刊登在201312月的《BMC Genomics》杂志上。

参考文献:

The nucleosome regulates the usage of polyadenylation sites in the human genome. Huang et al. BMC Genomics.2013 Dec.

作者简介:

孙啸:东南大学生物科学与医学工程学院教授,江苏省生物医学工程学会生物信息学专业委员会主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物信息学研究。

刘宏德 :就职于东南大学生物科学与医学工程学院,主要从事生物信息学研究。