细菌和真核生物中RNA结构对编码序列进化的影响

许多研究发现功能RNA二级结构在物种之间是选择性地保守。但是,RNA结构选择对编码序列进化的影响仍不清楚。为解决该问题,东南大学学习科学研究中心等研究人员系统地研究了四种模式生物,大肠杆菌,酵母,果蝇,和小鼠中核苷酸保守水平和其结构灵敏度之间的关系。研究人员定义了结构敏感位点作为假设局部结构中断的突变。同时使用Mantel-Haenszel方法和联想的测试,并发现在四种模式生物结构上敏感核苷酸位点进化速度慢于非敏感位点。此外,发现这种关联在高表达的基因和起始密码子区附近更明显。结构敏感位点的mRNA序列在分析的所有物种中很少有的核苷酸分歧。该研究更好的了解RNA结构对编码序列进化的影响,并有助于与RNA结构信息的密码子模型的发展。该研究刊登在20144月的《BMC Evolutionary Biology》杂志上。

参考文献

The impact of RNA structure on coding sequence evolution in both bacteria and eukaryotes. Wanjun Gu,et al. BMC Evolutionary Biology. 2014 Apr.

作者简介:

顾万君:东南大学儿童发展与学习科学教育部重点实验室研究员,从事生物信息学,计算生物学方面研究。

周童:芝加哥伊利诺伊大学医学系的个性化呼吸医学研究所、肺科、急救护理科、睡眠和过敏科研究员。