探索K562细胞中长基因间非编码RNA的稳定性

长基因间的非编码RNAlincRNAs)具有组织/细胞特异性表达的稳定性,可能与其生理功能密切相关。然而,生理功能与lincRNA稳定性的关联仍无法确定。东南大学生物医学工程系陆祖宏教授团队合作兰州大学生命科学学院、中国科学院成都生物研究所的研究人员共同研究一种重要的模式细胞K562细胞的lincRNA稳定性,从ENCODE以及RNA测序获得两个K562细胞转录组,并进行了比较。

研究人员通过lincRNAs预测分析,1804个可信度较高的lincRNAs中包括1564个注释lincRNAs240PH值假定新lincRNAs,而ENCODE1587可信度较高的lincRNAs包括1429注解lincRNAs158假定新lincRNAs1009个在PH值的特有lincRNAs792ENCODE特有的lincRNAs,和这两个数据集795个重叠的lincRNAs。根据最小自由能量分布和lincRNA半衰期的差异分析表明,大比例的重叠lincRNAs均比特有lincRNAs稳定。通过比较它们的最小自由能比证明大多数lincRNAs比蛋白编码RNA更不稳定。

重叠和独有的lincRNAs可以帮助对lincRNAs的稳定性进行分类。研究结果表明,重叠lincRNAs(相对稳定linRNAs)和独有lincRNAs(相对不稳定lincRNAs)参与不同的细胞过程。该研究刊登在20147月的《Biol Direct》杂志上。

参考文献:

Exploring the stability of long intergenic non-coding RNA in K562 cells by comparative studies of RNA-Seq datasets.Lei Wang,Dequan Zhouet al.Biol Direct.2014 Jul

作者简介:

陆祖宏:东南大学生物医学工程系教授,国家杰出青年基金获得者,长江学者特聘教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组学术骨干。主要从事生物电子学领域的研究。