MS-Simulator:基于相邻离子的强度比预测双电荷肽的γ离子强度

很多的软件工具都是基于比较实验质谱值与理论质谱值的差异来识别串联质谱的肽段。因此,从一段肽段序列中准确预测理论质谱值可能能够提高肽段的识别性能,并且这也是基于质谱技术的蛋白质组学所研究的内容。

加拿大滑铁卢大学Mabin教授与中国科学院计算技术研究所卜东波研究员合作领导科研小组提出了一种新的方法:MS-Simulator,该方法用来预测在给定的肽段光谱中的γ离子强度。新方法突出了两相邻γ离子的强度比的准确预测。理论质谱值可以从这些比值中推导出来。运用闭合方程预测比值,它涉及到了靠近两个γ离子和两个肽段末端的5个以上连续氨基酸。与现有质谱仪相比,新方法不仅能够简化计算还能提高预测的准确度。该研究发表在2012年《Journal of proteome》杂志上。

参考文献:

MS-Simulator: Predicting YIon Intensities for Peptides with TwoCharges Based on the Intensity Ratio of Neighboring Ions.Shiwei Sun,et al.Journal of Proteome Research.2012 Jul.

作者简介:

卜东波:中国科学院计算技术研究所研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第二课题组学术骨干。承担科研项目:863课题“功能基因组” NSFC课题“基于随机场的蛋白质结构预测新算法” NSFC重大课题“非规范知识处理”子课题 973生物信息学课题等。