如何准确的利用蛋白质的二面角序列模拟蛋白质结构

以前的研究表明,高分辨率蛋白质结构的数据中,相同类型的键长和键角符合高斯分布,并且标准差小。在生物信息学领域中,这些符合高斯分布的键长键角值已经被视为标准值。然而,现在还没有研究表明如何利用二面角值和标准键长键角值来模拟蛋白质结构。

加拿大滑铁卢大学李明(音译)教授与中国科学院计算技术研究所的卜东波课题组合作提出了一种快速的动态规划算法,根据打分函数寻找近似最优的理想蛋白质骨架结构。并证明了理想化的骨架结构总是伴随着微小的变化和稳定的自由能。研究人员也将新算法用来改进核磁共振实验中来蛋白质假结构的测定。

参考文献:

How Accurately Can We Model Protein Structures with Dihedral Angles?                                                                                           Xuefeng Cui,et al.Proceedings of the 12th international conference on Algorithms in Bioinformatics2012

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作者简介:

李明:加拿大滑铁卢大学计算机系教授

卜东波:中国科学院计算技术研究所研究员。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第二课题组学术骨干。,承担科研项目:863课题“功能基因组” NSFC课题“基于随机场的蛋白质结构预测新算法” NSFC重大课题“非规范知识处理”子课题 973生物信息学课题等。