计算识别模式生物中的激活增强子

增强子作为一类顺式调控元件在基因组区域首次发现,近30年来显著提高了基因转录。增强子可以调节在细胞类型特异性和发育阶段特异性的基因表达。虽然实验技术已经发展到可以识别全基因组增强子,调控元件的设计原理和他们通过转录调控网络的时空的方式尚不明确。目前,开发对于增强子的预测方法,特别是对增强子细胞类型特异性活性,是计算生物学的中重心。中国科学院北京基因组学研究所和清华大学合成与系统生物学中心的研究人员研究了目前激活增强子预测的计算方法,并讨论未来的发展方向。该综述刊登在20136月 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》杂志上。

参考文献:

Computational Identification of Active Enhancers in Model Organisms .Chengqi Wanget al.Genomics, Proteomics & Bioinformatics.2013 Jun.

作者简介:

张治华:中国科学院北京基因组研究所研究员主要研究领域:基因调控网络的结构,功能和演化。 

张奇伟:清华大学信息学院与医学院双聘教授,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任,首批千人计划教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第三课题组负责人。主要科研领域与方向:计算生物学与生物信息学;合成生物与系统生物学。