语前听力损失的遗传异质性:两种二代测序方法的性能比较和应用

中国人民解放军总医院耳鼻咽喉科主任医师袁慧军合作清华大学医学院等处研究人员报告一个包括三个直系不明遗传模式的非传统的中国家系的语前听力损失案例。鉴定一个分支为母系遗传的氨基糖甙类诱导听力损失的原因后,使用NGS测序以确定另两个分支的遗传原因。分支中受影响的个体通过全外显子组捕获或目标基因捕获,再NGS测序来获取基因组DNA。通过NGS分析,我们发现, A分支患者在CDH23DFNB12)基因上存在p.E1006Kp.D1663V的杂合突变;而B分支患者在SLC26A4DFNB4)基因上为纯合子IVS7-2A>GCDH23基因上的两个突变位点都能改变胞外钙粘蛋白结构域的保守性。三个不同的遗传原因出现在同一个家系中的情况是非常罕见的,但每个突变都符合已有的听力损失的突变集。在运用NGS技术进行基因检测时,研究人员也提出了一些技术和分析问题。该研究刊登在201459期的《Journal of Human Genetics》杂志上。

参考文献:

Resolving the genetic heterogeneity of prelingual hearing loss within one family: Performance comparison and application of two targeted next generation sequencing approaches.Yu Lu,et al. Journal of Human Genetics;2014.59, 599607;

作者简介:

袁慧军:中国人民解放军总医院耳鼻咽喉科主任医师。主要研究:耳鼻喉科相关疾病。遗传性耳聋的分子机制、产前诊断及遗传咨询。

张奇伟:清华大学信息学院与医学院双聘教授,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任,首批千人计划教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第三课题组负责人。主要科研领域与方向:计算生物学与生物信息学;合成生物与系统生物学。

张学工:清华大学自动化系和信息国家实验室教授,清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部主任,生物信息学教育部重点实验室副主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》首席科学家,第四课题组负责人。主要科研领域方向机器学习与模式识别的理论、方法与应用。