CRISPR-ERA:一种可用于CRISPR介导的基因编辑、抑制和激活的综合性设计工具

CRISPR/Cas9系统是最近开发的一项强大且灵活的技术,它主要用于基因组工程,包括基因组编辑(改变基因序列)和基因调控(不改变基因序列)。这些应用需要设计高效、特异的单向导RNAsgRNA)。然而,这仍然是具有挑战性的,因为它需要考虑许多标准。目前已经开发了一些sgRNA设计工具用于基因编辑,但目前还没有可用于基因调控的sgRNA设计工具。

随着使用CRISPR/Cas9进行基因编辑和调控的实验数据越来越多,同时研究人员根据这些已发表的研究总结出一套sgRNA设计规则,清华大学自动化系汪小我副教授和美国斯坦福大学的Lei S Qi博士带领的研究小组开发出了一种综合性的计算工具。研究人员报道了一种全基因组sgRNA设计工具,而且提供了一个在线网站,用于预测高效而特异的sgRNA。研究人员将这一工具命名为CRISPR-ERA,意思是可用于CRISPR介导的基因编辑,抑制和激活。

参考文献:

CRISPR-ERA: a comprehensive design tool for CRISPR-mediated gene editing, repression and activation.Liu H, et al.Bioinformatics. 2015 Nov.

作者简介:

汪小我:清华大学自动化系副教授,国家自然科学基金评审人。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究。