MICC:R的包从CHIA-PET的数据识别染色体互作

ChIA-PET正迅速成为一个重要的实验方法来检测高分辨率染色质的大范围相互作用。清华大学自动化系以及信息学院的汪小我副教授、张奇伟教授带领团队提出了一个基于的ChIA-PET数据的染色体互作识别模型(MICC),一个易于使用的R包以检测来自ChIAPET测序数据的染色体相互作用。通过运用贝叶斯混合模型,自动地去除随机缠绕和随机的碰撞噪声,在同一假发现率下,MICC的检测染色质相互作用灵敏度显著地高于现有的方法。该研究发表在20157月的《Bioinformatics》上。

参考文献:

MICC: an R package for identifying chromatin interactions from ChIA-PET data.He C,et al.Bioinformatics. 2015 Dec .

作者简介:

汪小我:清华大学自动化系副教授,国家自然科学基金评审人。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究。

张奇伟:清华大学信息学院与医学院双聘教授,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任,首批千人计划教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第三课题组负责人。主要科研领域与方向:计算生物学与生物信息学;合成生物与系统生物学。