酿酒酵母反义转录物的基因序列特征

近期研究发现在一些蛋白编码基因的互补链上有许多反义非编码转录物。在酵母中,这种反义转录物对于它们的伴侣基因具有调控作用,与蛋白编码基因形成反馈回路。因为不是所有的编码基因有相应的反义转录物,所以研究人员想要探知这些反义转录物的存在是否是由编码蛋白基因的序列特征决定的,或者与其相关。

清华大学自动化系张学工教授、汪小我副教授带领研究人员收集了酒酿酵母中所有有注释的反义转录物,分析它的基因序列,运用机器学习算法将有反义转录物和没有反义转录物的基因分类。同时,研究人员也检测到了一些不太明显但有统计学意义的序列特征,它表明蛋白质编码基因上的某些序列特征可能决定或者指示着伴随反义转录物的存在。

参考文献:

Sequence signatures of genes with accompanying antisense transcripts in Saccharomyces cerevisiae.Li Y,et al.Sci China Life Sci. 2014 Jan.

作者简介:

张学工:清华大学自动化系和信息国家实验室教授,清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部主任,生物信息学教育部重点实验室副主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》首席科学家,第四课题组负责人。主要科研领域方向机器学习与模式识别的理论、方法与应用。

汪小我:清华大学自动化系副教授,国家自然科学基金评审人。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究。