染色质状态和microRNA决定TNF刺激下不同基因表达的动态反应

基因表达是一个动态的过程,目前对于影响外界刺激改变基因表达的因素尚不清楚。清华大学自动化系以及信息学院的汪小我副教授、张奇伟教授带领团队对人脐静脉内皮细胞(HUVEC)受肿瘤坏死因子(TNF)刺激后的基因表达谱进行研究发现:在启动子上,快速反应的上调基因富含有“活跃”的染色质标记,比如H3K27acH3K4me3,并被Pol II and c-Myc优先约束;核心启动子区域的慢反应上调基因一般由核小体调控;下调基因大部分由microRNA调控。此外,基因本体论和启动子区域的基序分析认为,有不同反应行为的基因簇具有不同的功能,并且它们由不同的转录因子进行调控。研究结果表明,对于外界刺激所产生的不同基因表达模式是由多个调控因子的组合来调节基因表达的。该研究刊登在2012年的《Genomics》杂志上。

参考文献:

Chromatin state and microRNA determine different gene expression dynamics responsive to TNF stimulation.Li R,et al.Genomics. 2012 Nov.

作者简介:

汪小我:清华大学自动化系副教授,国家自然科学基金评审人。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第四课题组学术骨干。主要从事生物信息学与系统生物学方面的研究。

张奇伟:清华大学信息学院与医学院双聘教授,清华信息国家实验室合成与系统生物实验室主任,首批千人计划教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第三课题组负责人。主要科研领域与方向:计算生物学与生物信息学;合成生物与系统生物学。