dslice:QTL和基因集分析应用相关性的非参数检验R包

生物信息学及遗传学中的统计学问题可以被定义为分类突变或连续突变的相关性检验。动态切片发被认为是非参数依赖检验,被认为比传统的KolmogorovSmirnov 检验更有说服力。斯坦福大学Jun S. Liu合作清华大学自动化系和信息国家实验室张学工教授开发了R包,dslice,用于促进动态切片发在生物信息学中的应用,例如数量性状位点研究以及基因集富集分析。Dslice通过Rcpp实现,可在R包网站获取。该研究刊登在20151月的《Bioinformatics》杂志上。

参考文献:

dslice: an R package for nonparametric testing of associations with application in QTL and gene set analysis.Chao Ye, et al.Bioinformatics. 2015 Jan.

作者简介:

张学工:清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部主任生物信息学教育部重点实验室副主任。研究领域包括,机器学习与模式识别的理论、方法与应用和生物信息学、计算功能基因组学与系统生物学。