赖氨酸乙酰化转移酶特异性乙酰化位点的特点和预测

赖氨酸乙酰化是一种研究在组蛋白和非组蛋白两者中翻译后的修饰作用。大规模质谱分析或传统实验方法鉴定了超过2000个乙酰化蛋白和4000个赖氨酸乙酰化位点。虽然超过20个赖氨酸乙酰转移酶(lysine (K)-acetyl-transferasesKATs)已经被描述,但KAT对给定蛋白或赖氨酸位点乙酰化的贡献度多数尚不清楚。

北京大学肿瘤医院教授朱卫国合作清华大学自动化系和信息国家实验室张学工教授收集了KAT特异的乙酰化位点并分析了来自三个主要KAT家族(CBP/p300, GCN5/PCAF, MYST家族)的乙酰化赖氨酸基质附近的序列特征。研究人员发现三个乙酰化赖氨酸家族均有不同序列特征。基于这些差异,我们发展了一个计算机程序,基于乙酰化作用富集数据集(Acetylation Set Enrichment Based)的方法预测KAT家族贡献于哪些给定蛋白和赖氨酸位点。科研人员评估了该方法的有效性,并且实验发现的四个经两个KAT家族乙酰化蛋白被成功预测,而其中作为 KAT家族代表性蛋白存在过表达。该研究方法与相比传统实验方法相比,能有效鉴定KAT家族。该研究刊登在20121月的《MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS》杂志上。

参考文献:

Characterization and Prediction of Lysine (K)-Acetyl-Transferase Specific Acetylation Sites.Tingting Liet al.MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS. 2012 Jan

作者简介:

朱卫国:北京大学肿瘤医院教授。长期从事肿瘤分子生物学研究,在肿瘤的发生机制研究和肿瘤治疗学的基础研究中取得了较好的成绩。主要研究方向是以人体肿瘤细胞为靶对象,探索表观遗传学 (DNA甲基化和组蛋白乙酰化/甲基化)对肿瘤发生发展的影响并为肿瘤治疗提供有效的方法和理论根据。

张学工:清华大学自动化系和信息国家实验室教授,清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部主任,生物信息学教育部重点实验室副主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》首席科学家,第四课题组负责人。主要科研领域方向机器学习与模式识别的理论、方法与应用。