用分子动态模拟方法探究人类凝血因子上苯环结合位点的构象转化

人凝血因子XFX)是维生素K依赖性丝氨酸蛋白酶家族中的成员之一,是一个重要的人类凝血级联反应中的成分。活性FXFXa的)参与了和激活的血小板相关的凝血酶原酶的形成,即凝血酶原转化为凝血酶凝血反应。在目前的研究中,30纳秒分子动力学模拟了在打开和关闭状态下的人类活性FX。均方根(RMS)的波动表明,结构波动主要集中在FXa的环状区域,同时由于一个配体在关闭系统中的存在导致浇注残基较大的波动。开放的系统的门距离为9.2311.33Å之间,显然比所述封闭系统的显著较大(4.69-6.35Å),它允许可变尺寸的基板进入其中。尽管溶剂可及表面区域的FXa的(SASA)在两个系统中的相同相同,一般在开放系统有一个总量较大的SASA或疏水的SASA(或两者)的S4周围残缺袋装区域。此外,氢键在FXa的关闭状态形成多于开放状态,这被认为是在维持芳基结合位点的关闭状态发挥着显著作用。基于所述分子动力学模拟结果,中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所李轩研究员带领团队提出了一个诱导契合机制治人凝血FX的功能,这有助于提供更好的理解FXa和它的底物之间的相互作用,以及人凝血过程中构象变化的机制。该研究发表在20126月的《Journal of molecular modeling》上。

参考文献:

Exploration of conformational transition in the aryl-binding site of human FXa using molecular dynamics simulations.Jing-Fang Wang, et al. Journal of molecular modeling. 2012 Jun

作者简介:

李轩:中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所研究员,博士生导师。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第一课题组负责人。主要从事生物信息学和系统生物学的应用研究。