用RNA-seq技术研究癌症可变剪切的机遇与方法

癌症的发生、发展和转移与转录组变异息息相关。可变剪切是转录后调控的重要机制,同时与多种癌症相关。二代测序技术在RNA上的应用(RNA-seq)为转录组研究提供了新技术。该技术为系统性的定量研究可变剪切提供了前所未有的机遇。清华大学自动化系和信息国家实验室张学工教授及研究人员总结综述了目前基于RNA-seq技术的癌症转录组研究,尤其是与癌症相关的可变剪切方向的研究。并讨论了基于RNA-seq技术的癌症可变剪切的定量研究策略、现有的生物信息分析方法以及存在的问题等。该综述刊登在2013年的《Cancer Letters》杂志上。

参考文献:

Opportunities and methods for studying alternative splicing in cancer with RNA-Seq. Huijuan Feng,et al. Cancer Letters. 2013

作者简介:

张学工:清华大学自动化系和信息国家实验室教授,清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部主任,生物信息学教育部重点实验室副主任。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》首席科学家,第四课题组负责人。主要科研领域方向机器学习与模式识别的理论、方法与应用。