高度结构化大麦品种形态特征和农艺性状的全基因组关联映射分析

全基因组关联研究(GWAS)是研究高等植物,特别是农作物重要特征性状的常用方法复旦大学遗传学研究所群体及数量遗传学研究室罗泽伟教授合作伯明翰大学、苏格兰作物研究所等处研究人员利用最近开发的大麦OPA探针对615种基因分型的大麦进行关联分析找出了32个形态形状和10个农艺性状。研究人员在考虑了季节性生长习惯和穗行数的影响后进行混合采样。于样本结构对关联分析显著性影响的校正作用我们比较了七种统计方法 ,发现在降低假阳性率的同时保持统计效率,混合线性模型的解决方案优于基因组控制,结构化关联,逐步回归控制和主成分分析。研究报告了16个形态性状和9个农艺性状显著关联,并论证了GWAS在高度结构化的植物样品中研究其复杂性状的能力和可行性。该研究发表在2011年《Theoretical and Applied Genetics 》杂志上。

参考文献:

Genome-wide association mapping of agronomic and morphologic traits in highly structured populations of barley cultivars.Minghui Wanget al.Theoretical and Applied Genetics .2011

作者简介:

罗泽伟:复旦大学遗传学研究所群体及数量遗传学研究室教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组负责人。主要研究方向:数量性状位点高精度、高解析率定位的理论和实验策略研究;进化比较基因组学研究;人类复杂遗传疾病的分子病因学研究。