多队列样本实验和对照样本针对遗传相关性研究的统计方法

复旦大学遗传学研究所群体及数量遗传学研究室罗泽伟教授带领研究人员提出一个基于似然法的统计方法,即把自然的非随机的实验-对照样本关于在研究和给定的灵活性条件下,在位点中的基因型分布占总体的比例,认为是正确的用来测试不同混杂因素中存在的遗传关联,比如种群结构,样本的不可预测性等。研究人员将新方法用于GWAS研究,重新分析最近发布的帕金森综合征-对照样本。真实的数据分析和计算机模拟显示新方法不仅带来显著提高的检测关联分析的统计能力,并且与其他的方法相比,新方法对于来自非随机取样和遗传结构的困难具有稳定性。新方法检测出在25个小于1Mb的染色体区域中的44个显著的SNPs,但仅仅只有在2个这些区域中6SNPs之前被基于趋势试验的方法检测到。检测到位于帕金森综合征1.18Mb0.18Mb的候选区域的2SNPsFGF20PARK8,没有出现假阳性。该研究发表在2013年《BMC Genomics》杂志上。

参考文献:

A robust and efficient statistical method for genetic association studies using case and control samples from multiple cohorts.Minghui Wang,et al.BMC Genomics.2013

作者简介:

罗泽伟:复旦大学遗传学研究所群体及数量遗传学研究室教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组负责人。主要研究方向:数量性状位点高精度、高解析率定位的理论和实验策略研究;进化比较基因组学研究;人类复杂遗传疾病的分子病因学研究。