以功能网络为基础的基因本体论分析

在进行基因分析时,为了解释一组在生物学途径相关基因之间的功能非等价现象,复旦大学生命科学学院生物统计学研究所田卫东教授研究团队开发一种基于网络的基因集合分析方法GOGANPA,能设定兴趣基因相关功能的基因。该软件是根据基因组规模的功能网络构建的从基因本体论数据库可得到的功能注释使用程度来加权。通过使用充分研究的p53基因数据集和三个乳腺癌数据集当做GOGANPA基准,研究人员证明新方法比传统加权方法和涉及复杂集成网络竞争的方法更有威力和可重复性。GOGANPAGO授权能广泛适用于任何基因本体注释。该研究发表在2013年《Plos One》杂志上。

参考文献:

Functional-Network-Based Gene Set Analysis Using Gene-Ontology.Billy Chang,et al.Plos One.2013

作者简介:

田卫东:复旦大学生命科学学院生物统计学研究所教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。主要研究方向:运用统计学、计算科学、生物信息学等手段进行算法开发,对组学数据进行整合分析并精确预测基因功能、基因-基因相互作用关系、基因表现型及疾病候选基因等。