表观遗传特征与可变剪接显著相关

可变剪接(AS)特别有助于体现出蛋白质的多样性,然而不同类型的可变剪接与表观遗传因素之间的关系在很大程度上仍然是未知的。复旦大学生命科学学院生物统计学研究所田卫东教授发现了一些表观遗传特征,包括DNA甲基化,组蛋白修饰和核小体占用,特殊组蛋白修饰和蛋白质功能与可变剪接密切相关。为了进一步加强理解功能和可变剪接之间的关系,研究人员将H3K36me3EGR1GABPSRFSIN3ARNA聚合酶II组合在一起,并呈现出与可变剪接最紧密的相关性。研究人员发现可变剪接类型可分为两大类,即外显子跳接过程(ESRP)和选择性剪接位点的选择过程,基于它们的关联水平与表观遗传特征。该研究分析则意味着表观遗传特征可能在调节可变剪接中发挥了重要作用。该研究发表在2012年《BMC Genomics》杂志上。

参考文献:

Epigenetic features are significantly associated with alternative splicing.Yuanpeng Zhou,et al.BMC Genomics.2012

作者简介:

田卫东:复旦大学生命科学学院生物统计学研究所教授。清华973国家重点基础研究发展计划项目《基于新一代测序的生物信息学理论与方法》第五课题组学术骨干。主要研究方向:运用统计学、计算科学、生物信息学等手段进行算法开发,对组学数据进行整合分析并精确预测基因功能、基因-基因相互作用关系、基因表现型及疾病候选基因等。