当前，在肿瘤的临床诊疗方案中，靶向治疗、免疫治疗、联合治疗已经逐渐成为主流治疗方案。而通过基因测序为临床肿瘤提供更加精准的伴随诊断和个体化用药指导，已经成为必不可少的手段。
现行的主要基因检测技术包括PCR方法、一代测序、二代测序等。二代测序因其高通量、高性价比、技术成熟、可一次性同时检测大量的肿瘤突变，而越来越被临床所接受。例如，元码基因科技（北京）股份有限公司（以下简称“元码基因”）基于自主研发的NGS技术建立了完整的覆盖肿瘤的早筛早诊、精准用药和实时监控的完整临床解决方案，尤其是济全™（519基因）大panel检测涵盖靶向、免疫、遗传变异的所有位点以及MSI、TMB等分子标志物。可以预见的是，越来越多基于二代的IVD产品也将在未来逐步获得监管部门批准。但是，任何技术都有其局限性，二代测序因测序读长较短对于基因组结构变异（Structure Variations，SVs）检测灵敏度不及三代测序。肿瘤的基因组结构变异是多种靶向药如劳拉替尼（ALK基因结构变异）的靶点，所以准确检测肿瘤的基因组结构变异是辅助诊断和精准用药的关键一步，并且具有巨大的研究潜力。三代纳米孔测序（Nanopore ）技术因其长读长的测序特点（已取得超过2Mb的超长读长）的优势，在一定程度上突破了二代测序无法精确检测SVs的技术瓶颈。
基于以上进展，元码基因经过两年的技术攻关和产品孵化，并经过大量临床样本的验证，打通了三代测序结构变异检测技术。测序中国近日获悉，为了更好地服务临床，该公司现启动肿瘤样本免费三代测序结构变异检测计划。
在一项由北京协和医院、医科院肿瘤医院开展的多中心联合研究中，检测发现一例已知发生EML4-ALK融合的样本，在并行的NGS检测判断为假阴性。在具体分析NGS检测为阴性的原因时，研究发现该样本的断点位置位于EML4基因13号内含子区域的散在重复序列区域（SINE/LINE），如下图UCSC基因组浏览器所示， 在序列分析时会出现EML4端序列比对到多种不同基因的不同位置的情况。该种非唯一比对的序列，常常被过滤掉，造成假阴性的结果。但基因的融合本就大量发生在重复序列区域，这种情况难以避免，只有测序序列能够长到足够覆盖整个重复序列区域才能避免。
[1] DePristo, M. a et al. A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data. Nature genetics43, 491–8.
[2] Futreal, P.A. et al. A census of human cancer genes. Nat Rev Cancer 4, 177-183 (2004).
[3] Mardis, E.R. & Wilson, R.K. Cancer genome sequencing: a review. Hum Mol Genet 18, R163-168 (2009)
[4] Oxford Nanopore Technologies：https://nanoporetech.com/
[5] Lu H , Giordano F , Ning Z . Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly[J]. Genomics Proteomics & Bioinformatics, 2016, 14(5):265-279.
[6] Hefan Miao, Jiapeng Zhou, Qi Yang, et al. Long-read sequencing identified a causal structural variant in an exome-negative case and enabled preimplantation genetic diagnosis. bioRxiv preprint first posted online May. 21, 2018.
本文由 SEQ.CN 作者：戴胜 发表，转载请注明来源！
