在近日举办的美国癌症研究学会（AACR）年会上，Foundation Medicine的代表介绍了该公司使用其综合基因组图谱分析方法预测肿瘤突变负荷（TMB）并指导免疫治疗的新数据，以及特定的分子突变影响患者响应免疫治疗药物的新数据。

随着免疫治疗在肿瘤学界迅速发展，鉴定分子标志物或特征的相关研究也逐渐增多，以更好地预测哪些患者可能受益。

TMB是一种新兴的生物标志物，可以帮助预测免疫治疗在某些肿瘤中的响应，例如肺癌、膀胱癌和黑色素瘤。

由于FoundationOne panel检测覆盖的300多个基因的突变模式与全外显子测序得到的实际全基因组突变载荷之间具有高度相关性，Foundation Medicine去年开始使用FoundationOne panel开展TMB分析。

Foundation Medicine的CSO Phil Stephens说，“免疫治疗对一些患者来说是革命性的。现在已被批准的免疫治疗药物有五种，针对不同的细胞周期检测点。但是尽管成功率不断增加，许多患者对其却没有响应。”

Stephens解释说，“简单来说，患者肿瘤中的突变越多，该肿瘤越可能表达非己（non-self）或新抗原（neo antigen），患者的免疫系统识别肿瘤为非己的可能性越大。我们已经证明，测序一个megabase，就可以相当准确地量化突变负荷。”

Foundation Medicine的研究人员在AACR年会上报告，他们的验证数据显示，在肿瘤纯度少至20%的样品中，基于FoundationOne的TMB检测与全外显子检测结果密切相关。

研究人员通过观察患者的结局或临床反应，来确定这种方法是否真的非常有效。他们在黑色素瘤、非小细胞肺癌和膀胱癌患者中的早期数据表明，基于FoundationOne的TMB检测可反映患者对治疗的响应情况。

Foundation Medicine不是唯一一家希望优化TMB评估方法的公司。最近，临床测序公司Personal Genome Diagnostics宣布，他们计划开发一项无创的NGS方法，以帮助确定哪些癌症患者最可能响应免疫检测点抑制剂的治疗。

 一组分子突变影响患者对免疫治疗的响应

除了基于FoundationOne的TMB分析的验证和临床可行性数据，该公司还分享了一项关于非小细胞肺癌患者的新数据，指出一组特定的分子突变在患者对免疫治疗的响应中发挥作用。

研究人员分析了约1600名患者，他们接受了FoundationOne综合基因组图谱分析，以及分析PD-L1表达情况的免疫组化检测。

他们寻找TMB高和PD-L1表达低患者组和TMB低和PD-L1表达高患者组中富集的生物标志物，发现TMB高和PD-L1表达低患者组具有相当多的STK11功能缺失突变，TMB低和PD-L1表达高患者组优先表现出BRAF突变和外显子-14剪接位点突变的富集，及c-Met的扩增。

基于文献检索和对TCGA数据的分析，该公司表示这些突变能影响免疫反应。

实际上，在使用Opdivo（nivolumab）治疗的TMB高的患者中，野生型与STK11突变型癌症的免疫治疗响应情况具有统计学上的差异。Stephens说，这是非常初步的结果，必须在其他更大的队列中进行验证。

Foundation Medicine在其临床-基因组数据库中寻找支持STK11、BRAF和c-Met突变与肺癌免疫治疗响应之间关系的证据。他们考虑了多种因素，包括种族、年龄、吸烟以及这些突变，发现BRAF和STK11对免疫治疗反应的影响更大。