2020新年回顾｜单细胞测序领域最受关注科研成果及推荐综述报道
年终回顾
在2020年春节临近之际，测序中国编辑部依据过去一年所发布文章的关注度，分别就国内与国外的科研领域、产业领域以及行业热点领域中最受关注的事件进行了系统盘点，筛选出各领域最受关注的TOP 10事件，以及综述报道等。相关文章将在春节前后陆续发布。
陈润生院士团队搭建首个单细胞空间转录组数据分析可视化平台
近年来，检测空间基因表达模式方法的不断出现。相关检测方法多样，数据分析复杂，该领域尚缺乏一个可方便整合、比较和可视化空间转录组数据的数据库。2019年11月，中国科学院陈润生院士团队开发了针对空间转录组技术和数据集的数据库SpatialDB。SpatialDB是首个单细胞空间转录组数据分析可视化平台，可提供空间差异表达基因及其功能富集分析的注释，用于快速检索特定目标组织中的基因表达空间信息，相关成果发表在Nucleic Acids Research。点击链接，查看详情
加州大学张鹍教授团队合作绘制首份成人肾脏单细胞草图
2019年7月，美国加州大学张鹍教授团队和华盛顿大学医学院Sanjay Jain教授团队合作，利用snDrop-seq技术对来自不同个体肾脏组织的17000多个肾脏细胞进行了单细胞核RNA测序，发现了慢性肾病、糖尿病和高血压相关性基因在肾脏细胞中的特异性表达，进而绘制了成人肾脏单细胞图谱，可适用于临床，并有望指导相关疾病的靶向治疗。相关成果发表在Nature Communications。点击链接，查看详情
清华大学李梢教授团队基于单细胞RNA测序技术发现早期胃癌特异标记基因
2019年5月，清华大学李梢教授研究团队利用单细胞测序技术，构建了从胃炎到早期胃癌的单细胞转录组图谱，揭示了从癌前病变到早期胃癌进展过程中发生的基因表达变化，并发现了早期胃癌特有的分子特征和特异性标记基因，为精确诊断早期胃癌提供了分子基础。相关成果发表在Cell Reports。点击链接，查看详情
基于十万余个单细胞RNA测序，首个“肝硬化”单细胞转录组图谱绘制完成
2019年10月，英国科学家通过分析超过10万个人类单细胞的转录组测序数据，成功绘制了肝硬化单细胞转录组图谱。基于该图谱，研究人员在肝硬化和健康肝脏中发现了具有不同分子特征的细胞类型，并发现了许多在瘢痕组织中活跃的促纤维化通路，并且可能利用药物进行靶向治疗。相关成果发表在Nature。点击链接，查看详情
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两项独立研究共同证明：华大智造和Illumina测序平台单细胞RNA测序性能具有高度可比性
2019年7月，分别发表在BioRxiv、Genome Biology的两项独立研究成果表明，利用MGI测序平台（MGISEQ-2000、BGISEQ-500）进行单细胞测序，其在灵敏度、准确性和重现性等方面与Illumina测序平台（NextSeq 500、NovaSeq 6000、HiSeq 2500、HiSeq 4000）具有很高的可比性，且从目前已知的价格来看，华大智造测序平台的测序成本则更具优势。点击链接，查看详情
七种方法大比拼！Broad研究所发布单细胞RNA测序方法比较研究
2019年6月，Broad研究所的团队在BioRxiv发表文章，对7种单细胞RNA测序方法进行了比较，包括Smart-seq2、CEL-Seq2、Chromium单细胞基因表达解决方案、基于微流体的Drop-seq、Seq-Well、inDrop、sci-RNA-seq。研究团队还开发了一种适用于所有方法的生物信息学流程，可直接对新技术或现有技术的升级版进行评测，希望以此为其他研究人员提供指导。点击链接，查看详情
北京大学张泽民课题组与合作者揭示肝癌免疫微环境的动态特征
2019年11月，北京大学张泽民教授、任仙文副教授及合作者，结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术，对肝癌患者多个组织的免疫细胞做出了系统性的刻画，获得高分辨率的肝癌免疫图谱。据悉，该研究首次对肝癌临床样本进行包括病理组织在内的多组织位点的收集，分析了免疫细胞动态迁移和状态转化的特征，探索了在肝癌治疗上的潜在价值。相关成果发表在Cell。点击链接，查看详情
2019年8月，美国科学家分析了来自黑色素瘤和头颈癌的9000多个单细胞的代谢基因表达谱。首次在单细胞水平解析了肿瘤微环境中的细胞代谢基因表达谱，揭示了肿瘤代谢异质性在单细胞和组织水平上的显著差异。研究发现，在肿瘤微环境中，不同患者来源的肿瘤细胞拥有不同的代谢基因表达特征，但不同类型非肿瘤细胞的代谢基因表达并不受患者来源的影响。相关成果发表在Nature Communications。点击链接，查看详情
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基于单细胞测序绘制首个高分辨率“疟疾细胞图谱”，涵盖疟原虫整个生命周期
2019年8月，Sanger研究所领导的研究团队利用单细胞RNA测序技术，绘制了迄今为止第一份全面、高分辨率且涵盖1,700多个不同生命阶段伯氏疟原虫（Plasmodium berghei）的单细胞转录组图谱，为开发新型抗疟药物、疫苗和阻断策略提供了宝贵的开放参考数据集。相关成果发表在Science。点击链接，查看详情
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基于单细胞测序指导耐药肿瘤的新型联合免疫治疗
2019年10月，美国研究团队利用一种新的单细胞RNA测序技术对乳腺癌靶向治疗药物的潜在耐药性进行了建模，并发现了一种可导致耐药性的肿瘤浸润免疫抑制细胞。以该免疫抑制细胞为靶点，研究团队发现了新的药物组合并成功逆转了肿瘤耐药性，证明耐药肿瘤也可以进行治疗。相关成果发表在Nature Communications。点击链接，查看详情
破译单细胞基因组三维结构！谢晓亮团队谭隆志博士荣获Science青年科学家大奖
当地时间2019年11月21日，Science杂志和SciLifeLab颁发的2019年度青年科学家奖（Science & SciLifeLab Prize for Young Scientists）揭晓，谢晓亮团队谭隆志博士因其在基因组学、蛋白质组学和系统生物学领域的突出研究成果，当选为2019年度青年科学家奖的大奖得主。点击链接，查看详情
北京大学何爱彬团队发表新型单细胞ChIP-seq技术
2019年8月，北京大学何爱彬研究团队利用组合条形码和靶向染色质释放技术，开发了一种名为“CoBATCH”的新型单细胞ChIP-seq技术。CoBATCH技术具备普适性、易操作、高通量和高质量等优点，不仅可以捕获体外培养单细胞中染色质结合蛋白在基因组上的分布信息，还可用于分析组蛋白修饰研究。相关成果发表在Mol Cell。点击链接，查看详情
2019年5月，由美国、英国和德国科学家组成的一个研究团队，对来自自闭症患者和健康人群的104,599个脑细胞核RNA进行了单细胞测序。研究发现了该疾病中发生失调的基因类型以及皮层神经元和小胶质细胞的基因表达变化，并指出了常见的受影响的分子通路，包括突触功能等，有助于将自闭症未来的研究重点缩小到最可能的分子途径和细胞水平。相关成果发表在Science。点击链接，查看详情
对于医生和患者来说，基因检测是“既熟悉又陌生”的高科技！如何能让医生或患者通俗易懂地了解肿瘤基因检测，成为一门技术活。为此，该篇综述系统整合了肿瘤用药的相关基因检测，内容涵盖：为什么要做肿瘤基因检测？肿瘤用药基因检测到底检测了什么？有哪些抗肿瘤药物需要做基因检测？点击链接，查看详情
对于不同的肿瘤类型，对应的药物选择几乎是完全不同的，临床上一般以权威治疗指南以及医药监管机构对相关药物的上市批准为准则。该篇综述针对不同实体瘤癌种，系统整合了当前已上市的靶向治疗和免疫治疗方案及部分相关的基因检测项目。点击链接，查看详情
为何投资者对癌症ctDNA液体活检依旧“信心满满，热情高涨” | NBT解析背后原因
近年来，针对癌症的液体活检开展得异常火热。虽然很多人对液体活检平台在临床实践中的效用持怀疑态度，但不可否认的是液体活检正吸引着新一轮投资者的浓厚兴趣。为何投资者对癌症ctDNA液体活检充满信心？为此，Nature Biotechnology发表了评论文章，探讨了投资者们对癌症液体活检热情高涨背后的原因。点击链接，查看详情
顶尖专家联合撰文，Science特刊论述如何利用单细胞等技术解析基因型与表型
2019年9月，Science杂志发布了《从基因型到表型》（Genotype to Phenotype）特刊，扩展了我们对基因型和表型的认知，并探索了在理解人类表型发展的影响因素方面的最新进展。在四篇综述文章中，十余位全球顶尖研究人员展示包括单细胞基因组学分析、GWAS在内的多种方法。点击链接，查看详情
深度解读丨从样本制备到数据分析，解读ctDNA研究的“一站式”分析体系
2019年6月，英国科学家在Nature Medicine发表了TARGET项目第一期的研究结果，对以不同类型晚期癌症患者的ctDNA代替肿瘤组织，帮助早期临床试验进行患者选择的可行性进行了评估。该研究使用了一套从样本制备到数据分析和解读的完整解决方案，可对整个流程的可靠性、报告周期、成本及临床可行性进行评估，该综述对这一解决方案进行了详细解读。点击链接，查看详情
一文读懂表观遗传学研究利器——ATAC-seq技术及应用
ATAC目前已经成为主流的检测染色质可及性的技术，可用比较少的细胞分析特定时空下的开放染色质。ATAC-seq技术在肿瘤、胚胎发育和免疫性疾病中有着越来越广泛的应用，为研究染色质动态变化，下游基因的转录调节等提供强有力的技术支撑。该篇文章回顾总结了染色质可及性分析的技术发展过程，并重点阐述常规样本ATAC和单细胞ATAC技术的应用。点击链接，查看详情
当前，免疫治疗已成为癌症精准医疗中的一大热点，并已逐步发展成为继手术、化疗和放疗后的第四种肿瘤治疗模式。2019年12月，Nature Reviews Clinical Oncology杂志以肿瘤免疫疗法为主题，精选了近年来肿瘤免疫研究中的经典图片，并推荐了50余篇相关研究文章和综述文章。点击链接，查看详情
《年终回顾 | 不平凡的2019，见证基因行业扶摇直上》系列主要包含10部分内容，已在2020春节前后陆续发布，扫描文末二维码，索取电子收藏版。
本文由 SEQ.CN 作者：陈初夏 发表，转载请注明来源！
