• 研究背景

在美国麻省医院，一名急性髓细胞白血病(AML)患者首先需要骨髓穿刺涂片检查，耗时两天进行细胞遗传学分析来确诊。另一名恶性肉瘤患者先经过成像与活体组织检查，加上后续排查及检测，耗时16天确诊为尤文氏肉瘤。这可能导致患者已经接受了数天的错误治疗。

融合基因是AML致病的直接原因之一，肉瘤患者软组织中也存在相关的基因融合事件。因此能够在分子水平上发现这些事件并快速拿到结果，有助于将来更快速在癌症中进行诊断，防止错误治疗浪费时间。

3月5日，第三期纳米孔转录组研究课程已在探基平台上线。课程中，William Jeck博士介绍了其研究团队使用纳米孔测序，成功鉴定出红细胞白血病细胞系中的BCR-ABL1融合的研究成果。

William Jeck

• 方法与结果

William Jeck博士开发出一种锚定PCR（AMP）建库的方法，并使用掌上测序仪MinION进行纳米孔测序：将生成的纳米孔读长数据通过BWA-MEM与从现有转录本注释构建的合成转录物参考文库进行比对，成功的鉴定出红细胞白血病细胞系中的BCR-ABL1融合：

· 对临床样品进行概念验证后，分别在白血病患者和FFPE脂肪母细胞瘤患者样品中鉴定PML-RARA和HAS2-PLAG1融合体。

· 在11个新鲜血液学标本和5个FFPE肉瘤样本中鉴定出12个真阳性和3个真阴性。其中检测到4个假阴性是由于所使用的qPCR验证样本肿瘤DNA比例过低。

· 通过对初步诊断的临床分析物进行额外验证，最终灵敏度在低至5％肿瘤DNA样品中能够鉴定出融合基因。

研究成果发表在The Journal of Molecular Diagnostics，doi:10.1016/j.jmoldx.2018.08.003。

• 本期亮点：

· 在测序开始的几秒钟内产生融合读长 ，10-15分钟内就累计超过100条BCR-ABL序列，因此在测序十几分钟的时候就停止运行以清洗测序芯片重复使用。

· 在更小型的测序设备Flongle上，12小时内获得了约10万条测序序列。

注：Nanopore技术目前仅供研究使用。